A 21 de Setembro, a Polícia Judiciária (PJ) interroga Leonor Cipriano, suspeitando que a menina tinha sido assassinada por ela e pelo tio. O corpo nunca apareceu e o crime acaba por ser confessado pela mãe. Segundo a confissão, Joana não quis devolver pequenas quantias de dinheiro à mãe, que acabou por a matar juntamento com o tio. Em Janeiro de 2005, Leonor Cipriano revela que os agentes da PJ a agrediram, em Outubro, para que confessasse ter morto a filha. Os agentes garantem que Leonor se tentou suicidar, justificando os ferimentos que apresentava. O julgamento dos agentes que alegadamente agrediram Leonor Cipriano só deve acontecer em 2009. .Um dos arguidos do processo é Gonçalo Amaral, à data coordenador da PJ de Faro e responsável pela investigação. Mais tarde, voltaria a estar à frente de um caso semelhante. A menina inglesa Madeleine McCann, desapareceu na Praia da Luz, em Portião, a 4 de Maio de 2007 e ainda não apareceu..Em prisão preventiva, a mãe e o tio de Joana Cipriano são acusados pelo Ministério Público a 3 de Maio de 2005. Sobre eles recaem os crimes de homícidio qualificado, profanação e ocultação de cadáver. O julgamento começa a 12 de Outubro desse ano, treze meses depois do desaparecimento da meninaA mãe e o tio foram condenados, em Novembro, a 20 e a 19 anos de prisão, respectivamente. Após o recurso para o Supremo Tribunal de Justiça, a pena foi reduzida para 16 anos. Entretanto, a mãe e o tio confessaram a familiares ter vendido a criança para um casal no estrangeiro e que apenas confessaram tê-la morto por medo da polícia.