Entre abril de 2002 e novembro de 2003, o Tribunal de Monsanto encheu-se quase todos os dias úteis da semana para dar seguimento ao julgamento que testou a corrupção e gestão danosa na Universidade Moderna, entretanto extinta. A primeira sessão decorreu a 10 de abril e, no dia seguinte, fazia a capa do Diário de Notícias, com as declarações de um dos arguidos, o ex-reitor José Júlio Gonçalves.."Fiz despachos terríveis sobre armas e mulheres", disse, apanhando "de surpresa todos os presentes, incluindo o advogado". José Júlio Gonçalves tentava "exemplificar ao coletivo como as contas da universidade lhe passavam ao lado", quando "reconheceu ter assinado vários documentos dos quais desconhecia o teor"..O caso Moderna, como ficou conhecido, envolveu a Maçonaria e figuras de relevo no panorama político nacional. Entre eles, Paulo Portas, João Soares e António de Sousa Lara..Arrancou com a detenção do anterior reitor José Júlio Gonçalves, em abril de 2000, e dos seus filhos - João Braga Gonçalves e José Braga Gonçalves. O reitor acabou condenado a três anos de prisão por administração danosa e corrupção ativa, embora visse a sua pena suspensa pelo tribunal..O mesmo não aconteceu com os filhos: o primeiro recebeu uma condenação e 12 anos de prisão. O segundo estava indiciado por 19 crimes e acabou a ser condenado por apropriação ilegítima, gestão danosa, corrupção ativa e falsificação de documentos.