Apesar de, por esta altura, não lhe ser conhecido nenhum relacionamento amoroso, o ator já manteve relações com várias caras conhecidas dos portugueses. Rita Seguro, Rita Mendes e Dina Félix da Costa foram três das mulheres com quem Hugo Sequeira namorou..Até julho de 2011, Hugo Sequeira viveu um relacionamento com Rita Mendes, a sua última namorada conhecida. A DJ foi desde sempre considerada uma das melhores amigas do ator, a par de Paula Neves e Mafalda Vilhena, e ambos tratavam-se por "maninhos". Mas a amizade deu lugar à paixão e os dois começaram a namorar quando Rita Mendes estava grávida do primeiro filho, Afonso, fruto do relacionamento com Roger Branco. A relação foi assumida em dezembro de 2010, mas, em 2011, já o casal anunciava a rutura. Na época, surgiram rumores de que a relação não teria terminado da melhor forma, e a reação de Rita Mendes ao acidente do ex-companheiro, ontem à noite, voltou a indiciar o mesmo..Antes de começar a namorar com Rita Mendes, Hugo Sequeira viveu um romance com a também atriz Dina Félix da Costa. Os dois atores começaram a namorar em 2007 e estiveram juntos durante três anos. Da relação nasceu o pequeno Xavier, hoje com três anos. O casal viria a separar-se no início de maio de 2010..Também Rita Seguro teve uma relação com Hugo Sequeira, logo após a separação do arquiteto João Covacich, pai dos seus filhos.