Fernando José Pinto Monteiro, que trocou uma carreira de 40 anos na magistratura (era juiz conselheiro no Supremo Tribunal de Justiça) pelo desafio de exercer o cargo de PGR, apontou na sua investidura o combate à corrupção e aos crimes económicos como uma das suas prioridades, mas foram precisamente processos desta natureza que lhe deixaram "pedras no sapato". .No caso dos submarinos, adquiridos por Portugal à empresa alemã Man Ferrostal, Pinto Monteiro entrou com a investigação do Departamento Central de Investigação e Açção Penal (DCIAP) já em curso e, passados seis anos, sai sem que o inquérito a este negócio, autorizado pelo então ministro da Defesa Paulo Portas, esteja finalizado. .No "caso Freeport", o PGR foi apanhado na controvérsia gerada pelas alegadas pressões do então presidente do Eurojust, Lopes da Mota, aos procuradores do DCIAP Vítor Magalhães e Paes Faria, e que motivou um processo disciplinar do Conselho Superior do Ministério Público (CSMP) aquele magistrado e antigo sectretário de Estado da Justiça do Governo PS de António Guterres..A polémica teve continuidade quando, no Verão de 2011, a investigação do DCIAP é concluída, mas com os procuradores a alegarem "falta de tempo" para ouvirem em inquérito o antigo ministro do Ambiente e então primeiro-ministro, José Sócrates..O PGR abriu inquérito à diretora do DCIAP e aos dois procuradores do processo Freeport, que deixaram por escrito as 27 perguntas que queriam ter feito a Sócrates e não fizeram, mas a verdade é que quando o processo foi a julgamento no Tribunal do Barreiro o MP voltou a não ouvir José Sócrates..Recentemente, Pinto Monteiro admitiu que o Freeport foi "um processo político" e considerou "inédita" a decisão do tribunal de extrair uma certidão para que o DCIAP investigue indícios que podem envolver José Sócrates..Outro dos casos complicados do seu mandato foi o processo "Face Oculta", cuja escutas da investigação por alegada corrupção do ex-ministro socialista Armando Vara acabaram por apanhar conversas deste alto quadro do BCP com Sócrates. .Depois de um folhetim que envolveu também o presidente do Supremo Tribunal de Justiça, Noronha Nascimento, a Procuradoria decidiu arquivar as escutas em que apareceu Sócrates, decisão que, independentemente do seu mérito jurídico, deixou em alguns setores da sociedade a convicção de que Sócrates estaria a beneficiar de algum tipo de proteção. O STJ mandou destruir as escutas, mas o próprio PGR diz estar convencido que ainda existem cópias..Também o episódio da jubilação do vice-PGR Mário Gomes Dias e os reiterados alertas de Pinto Monteiro sobre a existência de escutas ilegais, algumas feitas pela própria polícia, geraram polémica no último terço do seu mandato, a par do relacionamento difícil com o Sindicato dos Magistrados do MP, avesso à forma como o Procurador queria organizar e reestruturar o Ministério Público..No Verão de 2010, Pinto Monteiro abriu também conscientemente uma "guerra" interna, ao pedir o reforço dos poderes do PGR, depois de se ter comparado, nessa matéria, à Rainha de Inglaterra. Avançou com uma proposta ao Parlamento, mas a contestação dentro e fora do MP não permitiu que ganhasse poderes acrescidos face ao CSMP..A atuação e as ideias de Pinto Monteiro nunca agradaram ao PSD. Ainda na oposição, Pedro Passos Coelho defendeu que o PGR devia demitir-se ou ser demitido, mas uma vez primeiro-ministro resignou-se a 'coabitar' com responsável máximo do MP, tanto mais que o Presidente da República, Cavaco Silva, nunca aceitou um afastamento abrupto de Pinto Monteiro e as suas implicações políticas..Falador e aberto à comunicação social, Pinto Monteiro foi vítima dessa mesma abertura, ao alertar publicamente para a existência de escutas ilegais em Portugal, admitindo mesmo que o seu telefone pudesse não ser seguro. .Os melhores momentos de Pinto Monteiro como PGR ficam, porventura, associados à persistência na investigação do "Apito Dourado", aos bons resultados obtidos pela constituição de equipas mistas MP/Polícia Judiciária, designadamente no processo "Noite Branca" no Porto, e pelo incentivo no combate à violência contra as mulhares, os idosos, crianças e outros grupos especialmente vulneráveis.