O Tour 2007 foi um dos mais agitados no que respeita a problemas de dopagem, um ano depois de a edição anterior ter sido abalada por um teste positivo do vencedor, Floyd Landis. Ao cazaque Alexandre Vinokourov foi detectada uma transfusão sanguínea e este foi expulso da prova, assim como a sua equipa, a Astana. O italiano Cristian Moreni acusou valores elevados de testosterona e teve de deixar o Tour, assim como a sua equipa, a Cofidis. Um dia depois de ter terminado a prova, a Saunier Duval anunciou que o espanhol Ibán Mayo acusara eritropoietina..Além destes três casos, foi ainda afastado da prova Michael Rasmussen quando envergava a camisola amarela de líder. A decisão foi tomada pela sua equipa, a Rabobank, após forte pressão da organização do Tour. Foi já durante a prova que se descobriu que Rasmussen mentira, incluindo à sua equipa, sobre a sua localização durante os treinos de preparação para a prova, levando a que tivesse falhado em poucos meses quatro controlos fora de competição. Um número suficiente para que fosse sancionado antes de ir ao Tour, mas tal não foi possível pela falha de comunicação entre a UCI e a agência antidopagem da Dinamarca. Sem Rasmussen nem Vinokourov, ficou aberto o caminho para a primeira vitória na Volta à França do espanhol Alberto Contador..Terá sido também uma ou várias falhas de comunicação que impediram a justiça penal francesa de punirem os três ciclistas com positivos por terem violado a legislação do país (os três já tinham sido sancionados pela justiça desportiva). A polícia revistou os quartos de hotel dos ciclistas ainda durante o Tour, na localidade de Pau, mas os procuradores e a juíza de instrução precisavam das amostras colhidas aos corredores e nas quais foram detectados os dopantes..Apesar dos mandatos para investigar os ciclistas e de ter enviado três comissões rogatórias à UCI, com sede na Suíça, a juíza Celine Pages-Couderc "foi incapaz de obter quaisquer amostras" e não teve outra opção que não arquivar os processos e absolver os arguidos, segundo contou o procurador de Pau, Jean-Christophe Muller, acusando a UCI de ter recusado os pedidos invocando a confidencialidade "dos dados médicos de carácter pessoal"..Mas a versão da federação que rege o ciclismo é muito diferente e indicia que, no mínimo, houve erros e falhas de comunicação de ambas as partes. A UCI rejeitou categoricamente a acusação de Muller. "A UCI recebei apenas um pedido, proveniente da Gendarmerie [equivalente à portuguesa GNR] a 29 de Julho de 2009. O director geral da UCI respondeu a 6 de Agosto de 2006 dizendo que a UCI estava pronta, como sempre, a colaborar com as autoridades, mas que ela preferiria, tendo em conta a natureza deste caso, receber o pedido de uma forma adequada e formal, ou seja, uma comissão rogatória internacional. Depois disso, a UCI jamais recebeu qualquer pedido da parte de quem quer que fosse", descreveu a federação à AFP, rejeitando qualquer "interpretação que coloque em causa" a sua disponibilidade para "colaborar em respeito pelas leis".