Javi Garcia formou-se nas categorias de base do Real Madrid até se estrear na equipa principal em 2004, mas três anos depois seria emprestado ao Osasuna, onde fez uma grande época, que levaria o clube merengue a exercer a opção de recompra do passe..Fez parte do plantel do Real Madrid na época 2008/09, até surgir o Benfica para o contratar, com alto rendimento nas três épocas que esteve em Lisboa e que lhe abriram as portas do Manchester City, que pagou 30 milhões de euros pela sua transferência..Fez duas épocas em Manchester, tendo sido negociado para os russos do Zenit de São Petersburgo, onde permaneceu nas últimas três temporadas.