A história do projeto de construção de uma linha de comboio de alta velocidade (TGV) que ligaria Poceirão (Setúbal) à fronteira do Caia representa, para o Ministério Público (MP), uma das provas de que José Sócrates usou os seus poderes de primeiro-ministro para praticar "atos de favorecimento" ao Grupo Lena, que interveio neste processo integrando um consórcio, Elos. "O arguido José Sócrates levou a cabo tais intervenções mediante o exercício dos respetivos poderes funcionais de orientação e coordenação sobre os titulares do Ministério das Obras Públicas e da Secretaria de Estado dos Transportes, bem como, sobrepondo-se, respetivamente, aos poderes próprios e delegados destes últimos, sobre os administradores da RAVE [empresa estatal que tutelava o projeto] e da REFER [empresa gestora da rede ferroviária nacional], membros do concurso", lê-se na acusação do MP.
No final, o consórcio Elos, vencedor do concurso - e no qual o Grupo Lena tinha uma participação de cerca de 13,1% -, conseguiu sobreviver a dois vistos prévios negativos proferidos pelo Tribunal de Contas (TC), superou uma avaliação de "medíocre" pelo júri do concurso e, já com Pedro Passos Coelho a primeiro-ministro, depois de cancelado o projeto TGV, acionou o Estado, tendo sido indemnizado em 149 milhões de euros por decisão de um tribunal arbitral, decisão que está em recurso num tribunal administrativo.
O que se passou, segundo a acusação, é que por interferência direta de Sócrates o Grupo Elos conseguiu sempre introduzir no contrato com o Estado - com alterações feitas depois da decisão do júri - várias normas alterando a proposta avaliada, nomeadamente uma pela qual seria indemnizado no caso de visto prévio negativo pelo TC. Foi essa norma que lhe permitiu ganhar os tais 149 milhões de euros. "José Sócrates determinou na sua esfera de competências a definição das regras e condições, à revelia das regras legais dos concursos, em prol dos interesses do Grupo Lena e em detrimento do interesse público. Invocando a importância estratégica e económica do projeto, o ex-primeiro-ministro terá justificado perante os indivíduos por si instrumentalizados - ministros, secretários de Estado e gestores públicos - a adoção de procedimentos ilegais", diz a acusação do MP.
Isso terá acontecido, por exemplo, em outubro de 2009, quando o então primeiro-ministro e outros dois dos principais arguidos do processo, Carlos Santos Silva e Joaquim Barroca, figuras dominantes do Grupo Lena, percebem que o júri do concurso vai chumbar a candidatura da Elos. Sócrates "tomou então a decisão e fez transmitir a mesma aos responsáveis do Ministério das Obras Públicas de que, alegando a necessidade imperiosa da concretização do projeto da RAVE [rede de alta velocidade] e do aproveitamento das linhas de financiamento comunitárias, o relatório final do júri deveria ser produzido em moldes que permitissem acomodar uma decisão política de adjudicação". Por outro, "de forma a levar o júri a alterar o relatório preliminar e a produzir um relatório suficiente para possibilitar a decisão de adjudicação", Carlos Santos Silva e Joaquim Barroca, "com o reconhecimento" de Sócrates, vieram a apoiar uma estratégia que passaria por retirar do contrato as cláusulas polémicas, reinserindo-as depois na "fase de definição dos termos finais do contrato de concessão".