Ainda longe de se interessar pela política, Aníbal vive a crise académica no Instituto Superior de Ciências Económicas e Financeiras (ISCEF) "como a generalidade dos estudantes". Participa nas greves às aulas, nos plenários e na manifestação na cidade universitária em que Marcelo Caetano, ainda reitor da Universidade Clássica, se colocou ao lado dos estudantes contra a polícia. "Algumas vezes corri à frente dos polícias, no que beneficiava da vantagem de ser um razoável praticante dos cento e dez metros barreiras e também de salto em altura." Modalidades que praticava no Centro Desportivo Universitário de Lisboa (CDUL). Não conseguiu foi fugir do serviço militar. Em 1962 recebe "um murro no estômago". A guerra colonial, que tinha começado em 61 em Angola, batia-lhe à porta. "Fiquei revoltado e acentuou-se em mim a rejeição ao regime de Salazar", sublinha na sua Autobiografia. Decide casar com Maria e embarca com ela a 31 de Outubro de 1963 no navio Infante D. Henrique com destino a Moçambique. O que lhe pareceu uma espécie de tragédia revelou-se um dos períodos mais felizes da sua vida. Lourenço Marques (hoje Maputo), onde esteve sempre, ironicamente como diz na "guerra dos papéis", só lhe traz boas recordações. Entre as obrigações militares e a aulas no liceu da mulher, Cavaco e Maria encontravam tempo para descobrir a "fascinante" África Oriental, sempre acompanhados por uma inseparável máquina de filmar. Em 1965 regressa a Lisboa, onde aceita ser bolseiro do Centro de Economia e Finanças da Fundação Calouste Gulbenkian e se cruza com Manuela Ferreira Leite. Um ano depois dá o primeiro passo na vida académica como assistente no ISCEF.